新潟医学会の源は、明治十四年六月、東京大学医学部在学の新潟県関係者によって創設された「北越懇親会」に遡るとされている。その後「北越同窓会」と名称が改められ、明治二十九年四月には本部が東京から新潟に移された。

　明治三十六年十一月には「北越医学会」と改称され、昭和八年本会創立五十周年記念が挙行されている。第二次世界大戦の影響を受け一時活動は中止されていたが、昭和二十年五月二十五日教授会の議を経て「新潟医学会」と改称され再生し今に至っている。

　また、現在発行の新潟医学会雑誌は学会の機関誌・学術雑誌であり、明治20年の北越医会報の創刊から続く月刊誌である。 現在、新潟医学会は医学会の進歩発展を図ることを目的に医師、医学者および医学部卒業生並びに学生を会員として構成されており現在の学会員は学内約400名、学外約500名である。

　主要な活動は集会の開催と学会雑誌の刊行にある。集会は年八回の例会と年一回の総会（例会を兼ねる）、セミナー(学士会共催・有壬セミナー)が定期的に開催され、学会雑誌は月一回30頁前後のものが継続して刊行されている。